Saint-Martory fu abitata fin dai tempi preistorici. Le grotte di Tourasse, all'Aziliano, e che la Montconfort rifugio, l'Età della renna, testimonia. Il borgo fu assediato nel 72 aC C. da Pompeo. In questi momenti, il borgo si chiamava Calagurris. Nel 11 ° secolo. e il 18 ° secolo., la città è sotto il controllo dei signori di Montpezat e conta di Comminges. Nel 1790, il villaggio divenne la capitale del Cantone e nel 1794 prese il nome di Garonne Mountain. Nelle Grazie metà del 19 ° secolo., Alla Garonna, Saint-Martory vissuto un periodo di boom con la carta business. Il suo nome attuale deriva da un santo chiamato "Martiry".