Les origines sont très anciennes. Thomières et Saint-Pons sont, à l'origine, deux communes distinctes. Au IVe millénaire av. J.-C., des hommes se sont installés autour de la source du Jaur : c'est la naissance de Thomières. La construction une abbaye de l'autre côté de la rivière Jaur en 936 par le comte Raymond Pons de Toulouse, marque la naissance de Saint-Pons. On les distingue d'ailleurs : Thomières était dite "ville moindre", "ville des pauvres", alors que Saint-Pons avec son abbaye et ses maisons de maîtres était dite "ville mage".
L'histoire de la ville est une succession de périodes de croissance et de destruction :
En 1170 une partie de la ville et le monastère sont pillés, ils subissent de graves destructions, au point où l'église de l'abbaye doit être reconstruite pour devenir en 1318 la cathédrale. Suivent deux siècles de développement et d'aisance grâce à la fabrication textile. Malheureusement, pendant les guerres de religions, les protestants occupent la ville plusieurs mois et détruisent à nouveau la plupart des bâtiments du village. À la fin du XVIIe siècle, la paix revient enfin.
Au XIXe siècle, Saint-Pont est une petite ville ouvrière qui reste relativement pacifique, le XXe siècle n'est pas une période prospère pour le village qui comme dans de nombreuses régions françaises, voit son industrie de textile péricliter.
Saint-Pons-de-Thomières située à l'ouest du département de l'Hérault est exposée à un climat méditerranéen, elle est drainée par le Jaur, mais aussi la Salesse, les ruisseau de Cavenac, de Fonclare, du Saut et par divers autres petits cours d'eau. Incluse dans le Parc Naturel Régional du Haut-Languedoc, la commune possède un patrimoine naturel remarquable.
