Le nom de Comblanchien serait un dérivé de "la Combe aux Chiens", lieu de chasse des Ducs de Bourgogne. Mais l'hypothèse la plus plausible est celle remontant à la première trace écrite, en 874 : Curtis Bunciana, du nom d'une femme à l'époque mérovigienne. Bunciana est devenue la Dame Blanche.
Il est vrai que cette couleur, et le rose, sont caractéristiques du lieu : la célèbre pierre de Comblanchien et ses grains, Carrare français blanc aux nuances rose, beige, gris-rosé, ramagé, est couramment employée à la place du marbre depuis son exploitation en carrières en 1850. Plus ancienne, l'activité viticole a traversé les siècles jusqu'à nos jours.
La commune s'est distinguée dans la résistance durant la Deuxième Guerre mondiale. Dans la nuit du 21 au 22 août 1944, Comblanchien devint village martyr : 52 maisons brûlées et plusieurs habitants fusillés ou déportés. La commune a obtenu la Croix de Guerre avec l'Etoile de Vermeil.
