Des abris sous roche découverts dans les environs indiqueraient que le village était habité dès la Préhistoire mais aucune source sûre n'existe avant le XIIe s. En 1167, le fief de Laffite-Toupière est cédé à la Commanderie de l'ordre des Templiers de Montsaunès par Guilhem de L'Isle et Raymond de Latoue. Laffite-Toupière est donc devenu une des possessions de l'ordre des Hospitaliers-de-Saint-Jean. A partir de 1469, le village est incorporé à la Guyenne, apanage du frère de Louis XI.