Le pont romain qui enjambait la Garonne au lieu-dit Apas, tout près de Saint-Martory, indique que le territoire était occupé à l'époque gallo-romaine. Au début du XIIe s., la région était la propriété de l'abbaye de Lézat (Ariège) puis est devenue celle de l'abbaye de Bonnefont dès sa création. Au XVIe s., Castillon et le village voisin de Saint-Médard-en-Comminges, tous les deux sous domination de l'abbaye toute proche, ne forment qu'une seule entité. En 1741, Castillon devint tout comme Saint-Médard une entité à part entière. Le nom du village vient du mot latin castellionem qui signifie petit château.
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