La commune se situe en Bourgogne, dans le département de la Nièvre, à 300 km de Paris et 235 km de Lyon. A 355 mètres d'altitude, avec un point culminant à 435 m. "le Toureau de Remondot", elle surplombe la vallée du Veynon, à la limite des sols granitiques des massifs du Morvan et des contreforts du Bazois. Avec ses 14 principaux hameaux, la commune s'étend sur une superficie de 1645 ha, dont 500 ha de forêts, et fait partie de l'arrondissement de Château-Chinon, du canton de Château-Chinon, de la Communauté de Communes du Haut-Morvan, du Pays Nivernais Morvan ainsi que du Parc Naturel Régional du Morvan. Les habitants sont nommés les Pétrusiens.
Des vestiges gallo-romains, découverts à Saint-Péreuse et à Villars, attestent de l'occupation du site au début de l'ère chrétienne. Le bourg aurait été fondé au Ve siècle par le moine venu combattre le paganisme et imposer le christianisme. Il y a laissé sa vie et y a été enseveli.
En 888, l'évêque de Nevers Eumène se voit confirmer par Charles le Gros la possession de plusieurs abbayes, dont celle de Saint-Péreuse en Morvan. De la féodalité, il ne reste que quelques vestiges, le château féodal ne survivant pas aux guerres de la fin du Moyen Âge opposant le roi de France et le duc de Bourgogne.
Le village brûle à plusieurs reprises, la dernière fois au milieu du XIXe siècle. Il fait encore partie du Morvan, mais sa position sur une colline, à la limite du granit et des sols argilo-calcaires du Bazois, lui vaut de posséder un petit vignoble au XIXe siècle. La douceur de vivre à Saint-Péreuse est chantée au début du XXe siècle par le vigneron poète Joseph Lagrange.
