Bendorf se situe dans le Sundgau à l'extrême sud de la région Alsace, dans les premiers contreforts du Jura alsacien.
Le village est blotti au fond d'une cuvette isolée des communes environnantes par l'arc formé par les chaînes du Rossberg et du Burgerwald.
Une occupation préhistorique humaine a été prouvée grâce à la découverte de silex taillés dans les grottes du "Boomerang" au lieu-dit "Ernersberg".
Le village est mentionné pour la première fois dans les écrits sous l'appellation "Penndorf" en 1179. Au XIIIe siècle, des écrits indiquent l'existence d'une famille de noblesse rurale dont le chef était Pierre de Bendorf.