De origem muito antiga, a abadia de Faverney remonta provavelmente ao século XVI. Esta última foi ilustrada no início do século XVII por um milagre: um ostensório que transportava duas hóstias consagradas escapou a um incêndio permanecendo suspenso no ar durante cerca de trinta horas.
Listada como Monumento Histórico e registada pelos seus antigos edifícios conventuais, a abadia Faverney acolheu um mosteiro de freiras beneditinas entre os séculos VIII e XII, depois um mosteiro de monges beneditinos do século XII até à Revolução Francesa.
Reconstruída diversas vezes, nomeadamente durante os séculos XVII e XVIII, foi vendida como propriedade nacional no final do século XVIII e depois desmantelada. Sede do seminário de filosofia na primeira metade do século XX, viu a sua igreja erguida como basílica em 1912 pelo Papa Pio séculos XVII e XIX.
