O nome de Comblanchien seria um derivado de "La Combe aux Chiens", um terreno de caça para os duques de Borgonha. Mas a hipótese mais plausível é a de voltar ao primeiro registro escrito, em 874: Curtis Bunciana, em homenagem a uma mulher no período merovigiano. Bunciana tornou-se a Dama Branca.
É verdade que esta cor, e o rosa, são característicos do lugar: a famosa pedra de Comblanchien e seus grãos, branco Carrara branco em tons de rosa, bege, cinza-rosa, ramage, é comumente usado em vez de mármore desde a sua Pedreira em 1850. A mais antiga actividade vinícola passou pelos séculos até aos nossos dias.
O município foi distinguido na resistência durante a Segunda Guerra Mundial. Na noite de 21 a 22 de agosto de 1944, Comblanchien tornou-se uma aldeia mártir: 52 casas incendiadas e vários moradores foram mortos ou deportados. A comuna obteve a Croix de Guerre com a Estrela de Vermeil.
