Antiga abadia beneditina fundada no século V pela rainha Clotilde, a abadia Saint-Germain d'Auxerre foi a necrópole dos bispos de Auxerre desde suas origens. Aquele que teve a sua hora de glória no século IX quando acolheu a escola de Auxerre, um dos centros do Renascimento carolíngio, é ainda hoje um conjunto arquitectónico de grande interesse.
Classificado como Monumento Histórico, revela notavelmente aos seus visitantes belíssimas criptas carolíngias do século IX decoradas com murais que estão entre os mais antigos da França. Representam em particular a lapidação de Santo Estêvão e o Êxtase.
Os visitantes também podem descobrir a igreja abacial gótica, a casa capitular do século XII, a adega do século XIV ou o claustro reconstruído no século XVII em estilo clássico. A torre Saint-Jean do século XII, que domina todos os edifícios com a sua torre de pedra com oito lados convexos, também merece uma paragem.
A abadia de Saint-Germain d'Auxerre também abriga um museu de arte e história muito interessante que mostra o passado da cidade e sua região desde a pré-história até o final da Idade Média. A oportunidade de descobrir em particular o Sudário de Saint-Germain, um tecido bizantino do ano mil, ou o Cavalo de Guerchy.
Para completar esta importante oferta cultural, o local acolhe regularmente exposições temáticas temporárias.