Vagnas est occupé par l'Homme depuis 280 000 ans en raison de la présence de sources, de terrains de cueillette et de chasse, puis de terres cultivables. Le village est situé sur le trajet de voies de communication (drailles néolithiques, chemin pour les marchandises grecques du Rhône aux Cévennes, voie romaine d'Antonin le Pieux Alba-Nîmes…). On a identifié l'emplacement de plusieurs villas gallo-romaines sur le territoire. Un prieuré fondé au dixième siècle, le Monastier, dont les ruines sont situées au nord du village, était fréquenté par de très nombreux pèlerins au Moyen Âge. La bataille de Vagnas, en 1702, qui a connu la défaite de Jean Cavalier, le chef des Camisards, marque le début de la victoire des troupes royales catholiques dans les Cévennes. Au dix-neuvième siècle, la sériculture assure la richesse de la contrée et justifie la présence d'habitations volumineuses, l'élevage du ver à soie nécessitant en effet beaucoup de place. L'invention de la soie synthétique et l'import des soies extrême-orientales à la fin des années cinquante signent la fin de cette activité.