Aux portes de la Dombes et de la Bresse. Face au Beaujolais et à deux pas du Mâconnais. Altitude 180 m. Situé à 420 km de Paris.
La commune de Thoissey est bordée par la Saône et la Chalaronne. Avec son chemin de halage et ses prairies humides qui forment un écocomplexe particulièrement riche pour sa biodiversité en faune et en flore.