Une des premières mentions de Santes est celle de 1185, année où l'église Saint-Pierre fut donnée par l'évêque de Tournai à la collégiale St-Pierre de Lille.
Au Moyen Âge, les seigneurs de la famille de Lannoy, maîtres du village, marquèrent l'histoire de la ville. Leur blason devint celui de la commune.
Autour de l'église, l'activité agricole se développa au fil du temps. Au XIXe siècle, le village connut d'importantes mutations notamment avec l'arrivée du chemin de fer et l'installation de deux industries (la sucrerie et la blanchisserie Wallaert), laissant à la ville un riche patrimoine architectural encore visible, notamment dans le secteur du Marais.
Au cours de la Grande Guerre, le village subit quatre années d'occupation. De nombreux blockhaus furent édifiés par les Allemands. De nombreux vestiges sont encore visibles aujourd'hui, notamment chemin du Voitou. La fermeture des industries à la fin du XXe siècle, l'aménagement du port de Santes à partir de 1971 et l'aménagement du Parc de la Deûle marquent une nouvelle mutation pour la ville.
En 2017, l'INSEE recense 5 724 habitants pour une superficie de 757 hectares, répartis entre l'habitat (25%), l'activité économique (15%), et l'agriculture et milieux naturels (60%). Santes est au centre du Parc de la Deûle, vaste espace vert naturel métropolitain. Sa proximité avec Lille et son côté "ville à la campagne" font d'elle une ville très appréciée.
