Saint-Nicolas est adossé au rebord du massif granitique de Quintin, zone de plateaux de 200 à 300 mètres d'altitude, constitué de vastes espaces naturels typiques de la Bretagne profonde et secrète des landes et tourbières, auxquels se rattachent de nombreuses légendes et mystères.
Le centre historique de la commune est le village de Bothoa dépendant de la seigneurie de Beaucours puis du Pélem. En effet ce n'est qu'en 1836 que le chef-lieu fut déplacé à St Nicolas du Pélem. L'église de Saint-Nicolas est l'ancienne chapelle du Manoir du Pélem (visible dans le centre-ville), construite en 1474.