Rhuys a connu du VIe au Xe siècle un premier monastère, dont il ne reste aucun vestige. L'abbaye de Rhuys a été entièrement reconstruite à partir du XIe siècle. L'église abbatiale, commencée par Saint Félix, a pu être achevée au début du XIIe siècle. La partie ancienne de l'église est représentée par le choeur et le transept, qui donne à voir un très bel édifice, massif mais équilibré, l'abside étant coiffée d'une toiture originale en "éteignoir".
La nef romane a disparu, du fait de son effondrement au XVIIe siècle. Elle a été remplacée, dans des proportions à peu près identiques, par une nef classique, achevée au début du XVIIIe siècle, avec ce clocher massif.
Classée monument historique en 1840, l'abbatiale a fait l'objet d'un important travail de restauration à la fin du siècle.
L'abbatiale permet d'admirer également quelques sarcophages et pierres tombales du Moyen Âge, un retable monumental du XVIIe siècle, une collection de vitraux assez remarquables, ainsi qu'un autel contemporain, réalisé dans les années 1990 par Philippe Kaeppelin, qui évoque la Saint Trinité.
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