La commune de Pouillat est située à la limite du département du Jura, à deux kilomètres de Montfleur, dans une petite vallée entre la colline de Montpetit au Levant et Mont Nivigne au couchant.
Pouillat est l'une des communes les moins peuplées du département. Sa population se répartit en deux lieux : le village de Pouillat et celui de Dalles.
Quelques maisons, au bas de Nivigne, habitées encore au siècle dernier, sont aujourd'hui en ruines.