Neuilly-en-Donjon est situé dans une plaine, encore largement couverte de bois au XIVe siècle, et ce que jusqu'au 1840. La commune est traversé par la rivière de la Vouzance, se jetant dans la Loire en la commune de Molinet et par le ruisseau du Crésançon.
La commune de Neuilly-en-Donjon est située dans le département de l'Allier, à 8 km du Donjon (chef-lieu du canton) où l'on trouve commerces et services à la personne, à 50 km de Vichy, 60 km de Moulins, 55 km de Roanne.
D'une superficie de 2502 hectares, elle compte 236 habitants au recensement provisoire de 2006, 228 en 1999.
Située aux confins de trois départements (Allier, Saône-et-Loire et Loire), la commune est au coeur d'un territoire rural, relativement enclavé malgré le fait que la RN7 et le RCEA passent à proximité.
L'activité économique dominante est l'agriculture mais depuis plusieurs années, des commerces et des services se sont créés.
L'origine du nom de Neuilly est apparu sous la forme nubli au XIVe, probablement une déformation de novi acum, nouvelle terre, témoin des défrichements médiévaux.
La présence gallo-romaine est attestée sur la commune par la découverte de plusieurs statuettes de bronze représentant Cérès, Mars et Hercule, de culots de bronze et de résidus de fabrication qui peuvent indiquer l'existence d'un atelier de fondeur.
Neuilly-en-Donjon dépend à l'origine du diocèse d'Autun et du prieuré de Marcigny, l'influence bourguignonne se remarque jusque sur le tympan de l'église romane.
La prévôté de Neuilly dépend du Donjon dès 1376. Neuilly est mentionné au XVIIe siècle comme terre à seigle et à bois de 60 feux (plus de 300 personnes). La taille s'échelonne entre 1683 et 1687 de 1730 à 1400 livres.