L'histoire du village est intimement liée à celle de la puissante abbaye installée en ces lieux à l'époque mérovingienne, vers 580.
L'abbaye de Moutiers-Saint-Jean a été une des merveilles de l'art roman et gothique, on peut voir au Louvre des chapiteaux qui en proviennent suite aux démolitions révolutionnaires. L'ancien portail latéral de l'abbatiale a quant à lui été vendu en 1921 et est conservé à New york, au musée des cloîtres. On peut toujours visiter à Moutiers le palais abbatial construit sous le règne de Louis XV par l'architecte Claude Louis d'Aviler. Les autres éléments du village, l'ancien hôpital fondé par saint Vincent de Paul et l'abbé de Rochechouart de Chandenier au XVIIe siècle et les jardins à la belle architecture de l'hôtel du président Coeurderoy en font un village particulièrement riche en vestiges et en histoire.