Fondé dans la seconde moitié du XIXe siècle, le musée vendéen de Fontenay-le-Comte est aujourd'hui centré sur le patrimoine culturel et naturel du Sud-Vendée, ainsi que sur l'histoire de la ville à la Renaissance. En cours de restauration et actuellement fermé, le site devrait à sa réouverture proposer un nouveau parcours de visite articulé autour des échanges et la circulation des hommes, des biens et des idées depuis la Préhistoire.
Le musée vendéen de Fontenay-le-Comte, qui possède plus de 7000 objets de grand intérêt, bénéficie également du label Musée de France.
