Il existe plusieurs explications au nom de la commune. Duerne proviendrait du mot "diurne", signifiant "jour" ; en effet, cette commune bénéficie des toutes premières lueurs du jour, étant donné son altitude élevée. Selon une autre origine celte, le mot Duerne signifierait "entrée" à l'époque romaine où le village était un important carrefour de voies de communication.
Duerne est située sur la ligne de partage des eaux : l'Orjolle se jette dans la Brévenne pour rejoindre le Rhône, et le Potensinet dans la Coise pour atteindre la Loire.
La commune est une des plus élevées des Monts du Lyonnais et se trouve à proximité de quatre crêts : le Crêt des Etoiles (828 m), le Crêt des Fayes (875 m), le Crêt Saint-Jean (823 m) et le Crêt des Courtines (933 m).