Située au nord-ouest du Jura, Chevigny est proche de trois autres départements : la Côte-d'Or, la Haute-Saône et le Doubs.
Le territoire communal est vallonné avec des altitudes mini-maxi de 192 m et 295 m. Les massifs forestiers bordent le territoire (bois de Borne, de la Fayette et de la Manche). Dans ce dernier trône le Chêne de la Manche, labellisé "Arbre Remarquable de France". Le massif de la Serre (zone Natura 2000) occupe partiellement le territoire communal.
On y pratique la culture céréalière sur plus de la moitié du territoire. L'élevage (vache à lait ou à viande) a beaucoup diminué ces dernières années.
Deux cours d'eau traversent le village : le bief du Moulin et le ruisseau de Borne.
La coopérative fromagère installée dans le village fabrique non seulement le fameux "Comté" d'appellation contrôlée mais aussi du Morbier et du Mont d'Or. On y trouve aussi les dérivés du lait tels que beurre, yaourt, fromage blanc...