Le nom du village est lié à sa position géographique. Il est issu de l'occitan "lo cap" qui signifie la tête, le sommet. Quant à la seconde syllabe "drot", elle renvoie au Dropt, un ruisseau qui prend sa source dans le village.
Au Moyen Âge, la tradition attribue des vertus bienfaitrices à la fontaine de Capdrot, issue du Dropt, cours d'eau prenant sa source dans le village. Lors des longues périodes de sécheresse, les paysans venaient de loin pour y quémander la pluie et s'assurer la protection de la Vierge noire à l'enfant présente dans la collégiale.
Siège d'une archiprêtré importante au Moyen Âge, la collégiale de Capdrot constitue aujourd'hui le vestige de ce passé prestigieux. D'abord simple église, elle se distingue pendant tout le Moyen Âge par sa richesse et son influence. Au XIIIe siècle, sa juridiction s'étend sur soixante-huit paroisses. Elle fut par ailleurs une destination de pèlerinage privilégiée dès le XIe siècle grâce à la présence de la statue d'une Vierge noire dans son enceinte auprès de laquelle les pèlerins venaient chercher faveurs et protection. C'est pourquoi l'édifice religieux prit le nom de Notre-Dame la Noire. En 1318, elle est donc élevée au rang de collégiale par décision du Pape.
Le menhir de Peyrecourt, aujourd'hui couché, est un exemple de vestige mégalithique témoignant des origines anciennes de Capdrot. Les menhirs et dolmens dissimilés dans les bois autour de Monpazier témoignent des croyances des populations du Néolithique (- 6500 à - 2300). Le menhir de grès de Capdrot a suscité de nombreuses légendes. Il fut même baptisé "la man des diable" (la main du diable) car seul un être maléfique semblait pouvoir être capable de semer de tels monuments dressés vers le ciel comme un défi à Dieu.
