Situé au cœur des Hautes Aspres, Caixas est isolé tout comme le sont ses voisins Oms ou Tordères. Le village n'est pas une agglomération : Il s'agit d'un ensemble de 4 hameaux séparés, chacun ayant sa propre église, indiquant que leurs histoires sont séparées. Les 4 hameaux sont Fontcouverte, Caixas, Candell et Ste Colombe de Las Illas.
La première mention du village se fait à travers celle de son église en 1020, dédiée à saint Cucufat. Cette église existe toujours aujourd'hui, bien que fort abîmée. Elle a été rebaptisé Saint-Marc au XVe siècle lors de son abandon au profit d'une autre église qui a pris à sa place l'appellation Saint-Jacques et Saint-Cugat. Il s'agit d'une chapelle romane bien sûr, à abside rectangulaire, classée Monument Historique. Elle n'a qu'une nef comme c'était le cas la plupart du temps à cet époque. La voûte en plein cintre a probablement remplacé une charpente en bois. Cette église, antérieure à l'an mille, possède sur un arc triomphal une pierre gravée d'un Alpha et Oméga entourant une croix.
A proximité du village se trouvait le puissant seigneur de Castelnou, devenant rapidement le vicomte du Vallespir (XIe siècle). La proximité de Caixas avec Castelnou fait que l'histoire du village de Caixas est lié à celui de Castelnou.
A partir du XIIIe siècle la population est descendue de la colline, probablement pour des raisons de commodité. Une nouvelle église fut construite. Dédiée à Saint-Jacques (parfois citée en tant que Saint-Jacques-le-Majeur), elle est encore aujourd'hui l'église paroissiale de Caixas. Durant le XIVe siècle, puis au XVe, Saint-Jacques sera fortifiée. Enfin au XVIIIe on lui fournira un retable, retable restauré en 1878. L'église abrite en particulier un Christ du XVIIe et un buste-reliquaire et ses reliques datant des XVIIe et XVIIIe.
