Ce petit village et son hameau, typiques du bas Bugey, ainsi que son monastère - la chartreuse de Portes - se trouvent dans le département de l'Ain, en région Rhône-Alpes.
Bénonces est situé au nord-ouest du canton de Lhuis (15 km), dans l'arrondissement de Belley (30 km), au croisement de la D32 et de la D37, contiguë à Serrières-de-Briord, Montagnieu, Seillonnaz, Lompnaz et Ordonnaz.