Construite dans la première moitié du XVIIIe siècle, l'église Saint-Jean-Baptiste du Faubourg d'Aix-en-Provence présente un plan inhabituel en forme de croix grecque, avec une architecture proche de celle des églises des Jésuites et des Prêcheurs.
Si à l'origine l'église Saint-Jean-Baptiste du Faubourg devait comporter cinq coupoles, seuls la nef centrale et le bas-côté sud ont été réalisés. Un bas-côté nord a quant à lui été rajouté au XIXe siècle.
L'édifice est connu pour avoir accueilli le mariage de Paul Cézanne avec Hortense Fiquet.