Gran especialidad quesera de Jura, la fondue del Jura se compone de una mezcla de tres tipos de queso comté: joven, menos joven y curado, que proporciona sabores afrutados y florales al plato. La receta también incluye vino blanco de Arbois, ajo y licor de orujo despalillado. En primer lugar, se frota la fondue con ajo, y luego se calienta antes de añadir el vino blanco. A continuación, se añade el comté cortado en trozos, poco a poco, sin dejar de remover. Cuando la mezcla está bien fundida, y una vez añadido el orujo, solo hay que untar en ella deliciosos trozos de pan casero.
La fondue del Jura es un plato para compartir ideal para el invierno, y combina a la perfección con un vino de Saboya o con un vino blanco del Jura.