Inaugurado por un decreto de la prefectura de 31 de marzo de 1859, una encuesta conserva dos ubicaciones posibles para dar cabida futura estación Pontarlier: el Faubourg Saint-Etienne y la entrada sur de la ciudad cerca del lugar llamado el Cret de Beaumont. Es esta última la que elija el ayuntamiento y el público. La estación fue inaugurada 17 de julio 1860, una semana antes de la inauguración oficial de la línea ferroviaria franco-suiza. Los edificios temporales de madera son reemplazadas gradualmente por edificios de piedra. El conjunto consistía en un cuerpo central flanqueado por dos alas laterales y áreas técnicas.
Hoy en día, es sustancialmente idéntica a la construcción original. En ese momento, la estación se corresponde con el modelo de estación llamada primera clase y tamaño para los viajes internacionales.
Esto es en realidad Pontarlier que transitó para expresar el gran Lausana, Simplon y Milán, por un lado, hacia Neuchâtel, Berna e Interlaken en el otro. Para responder a este importante tráfico, se construyeron instalaciones sustanciales: grandes edificios con bufé, locales para las aduanas, salas de carga. Las mismas locomotoras no se pueden utilizar en Francia y Suiza, se efectuó un cambio en Pontarlier, obligando a los viajeros a paradas más o menos largos. Por lo tanto varias personalidades han adoptado en esta pequeña estación: la emperatriz Eugenia en 1865, Adolphe Thiers en 1873 y 1875, Thérèse Martin (futuro Santo Teresa del Niño Jesús) en 1887 y Presidente en 1910. Fallières De regreso en Francia en agosto de 1945, el mariscal Pétain limpiará la ira de la multitud.
