El nombre de la localidad está atestiguado en las formas Fontanetum, Fontanedum en 843 y en 846.
El topónimo Fontenay proviene del latín fontana, "fuente", sufijo de -etum que designa un "conjunto de fuentes".
El complemento le-Marmion alude al señorío que pertenecía a una poderosa familia, los Marmion, cuyas posesiones se extendían a través del Canal.
El gentil es Fontenaysien.
A partir de 1829, por iniciativa de Arcisse de Caumont, se llevaron a cabo excavaciones arqueológicas en el sitio del túmulo Hogue con sus cámaras sepulcrales que datan del período neolítico. Permitieron autenticar la presencia de una población organizada en grupo social alrededor del 3600 a. C. Otro túmulo, el de La Hoguette, es visible a unos 600 metros de distancia.
La parroquia de Fontenay se dividió por primera vez para formar las parroquias y señoríos de Fontenay-le-Marmion y Fontenay-le-Tesson. Este último se dividió nuevamente para formar Saint-Martin-de-Fontenay y Saint-André-de-Fontenay (actualmente Saint-André-sur-Orne). El señorío de Fontenay-le-Marmion pertenecía entonces a una poderosa familia, los Marmion, cuyas posesiones se extendían a través del Canal de la Mancha.
