Una delle prime menzioni di Santes è quella del 1185, anno in cui la chiesa di Saint-Pierre fu donata dal vescovo di Tournai alla collegiata di St-Pierre a Lille.
Nel Medioevo, i signori della famiglia Lannoy, padroni del villaggio, hanno segnato la storia della città. Il loro stemma divenne quello del comune.
Intorno alla chiesa si è sviluppata nel tempo l'attività agricola. Nel XIX secolo il borgo subì importanti trasformazioni, in particolare con l'arrivo della ferrovia e l'insediamento di due industrie (lo zuccherificio e la lavanderia Wallaert), lasciando alla città un ricco patrimonio architettonico ancora visibile, soprattutto nel settore Marais.
Durante la Grande Guerra, il paese subì quattro anni di occupazione. Molti fortini furono costruiti dai tedeschi. Molte vestigia sono ancora visibili oggi, in particolare Chemin du Voitou. La chiusura delle industrie alla fine del XX secolo, lo sviluppo del porto di Santes dal 1971 e lo sviluppo del Parc de la Deûle segnano una nuova trasformazione per la città.
Nel 2017, INSEE contava 5.724 abitanti per una superficie di 757 ettari, suddivisi tra abitazioni (25%), attività economiche (15%) e agricoltura e ambienti naturali (60%). Santes è al centro di Deûle Park, un vasto spazio metropolitano verde naturale. La sua vicinanza a Lille e la sua "città in campagna" ne fanno una città molto popolare.
