Inaugurata nel 1837, al momento dell'arrivo degli spagnoli e ebrei portoghesi nella zona, il Bayonne sinagoga è ora un monumento storico classifica.
Nell'architettura giudeo-portoghese, l'edificio ha subito poche modifiche dalla sua costruzione e ora soffre di diversi disturbi che devono essere risolti da importanti campagne di restauro.