A aldeia, cujas origens remontam ao período romano ou celta, deve o seu nome "Papanheim" à numerosa presença de domínios pertencentes a conventos e mosteiros. A pesquisa atual tende a provar uma presença anterior no site, já que "padres" podem ser "druidas".
O comércio do vinho deveria florescer: na verdade, há muitas casas patrícias que datam do Renascimento e das quais há belas torres com degraus de pedra. A aldeia também tinha três castelos, que eram casas bastante fortes e das quais infelizmente não restava nenhum vestígio.
Quem diz que a riqueza, diz a cobiça, e Pfaffenheim pagaram caro por esta prodigalidade da natureza desde que a aldeia foi destruída três vezes: em 1338 pelos exércitos do imperador bávaro em luta com o bispado de Estrasburgo, em 1444 por os Armagnacs, e em 1525 durante a Guerra dos Camponeses.
Hoje, Pfaffenheim é uma aldeia de vinho localizada na Rota dos Vinhos da Alsácia e tem muitas atrações, como a capela de Schauenberg, nas alturas da aldeia.
