Коммуна Сен-Бонне-Тронсе находится в западной части департамента Алье, на границе с Шером: два ближайших города: Монлюсон (Алье) до 42 км и Сент-Аманд-Монронд (Шер) до 20 км. Деревня Сен-Бонне-Тронсе возникла на опушке леса Тронсе рядом с рекой Сельне и естественным прудом Сен-Бонне (45 га), популярным туристическим объектом.
С галло-римской эры, город является перекрестком между путями, соединяющими Avaricum (Бурж) с Gergovie (Лион) и тем из Бурбона в Drevant (к югу от дорогой). Вода в прудах с лесом и рудой является источником возникновения Сен-Бонне-Тронсе. Коммуна носит это имя с 1893 года. Ранее она называлась Сен-Бонне пустыней.