Открытое в соответствии с указом префектуры от 31 марта 1859 года, расследование содержит два объекта, которые могут вместить будущую станцию Понтарлье: Фобур Сент-Этьен и южный въезд в город недалеко от места, называемого Крет-де-Бомон. Именно последнее выбирают городской совет и население. Станция была открыта 17 июля 1860 года, за неделю до официального открытия франко-швейцарской железнодорожной линии. Временные деревянные постройки постепенно заменяются каменными постройками. Комплект состоял из центрального корпуса в окружении двух боковых крыльев и технических помещений.
Сегодня он практически идентичен оригинальной конструкции. В то время эта станция соответствовала так называемой модели железнодорожного вокзала 1-го класса и рассчитана на международные пассажирские перевозки.
Именно в Понтарлье большие экспрессы в Лозанну, Симплон и Милан шли с одной стороны, в Невшатель, Берн и Интерлакен, с другой. Чтобы ответить на этот важный трафик, были построены существенные объекты: большие здания со шведским столом, помещения для таможни, торговые залы. Поскольку одни и те же локомотивы нельзя использовать во Франции и Швейцарии, в Понтарлье было внесено изменение, заставляющее пассажиров останавливаться дольше или короче. На этой маленькой станции остановились несколько личностей: императрица Евгения в 1865 году, Адольф Тьер в 1873 и 1875 годах, Терез Мартен (будущая святая Тереза Младенца Иисуса) в 1887 году и президент Фальер в 1910 году. Возвращение во Францию в августе 1945 года маршал Петен уничтожил гнев толпы.
