Fontannes расположен в департаменте Верхняя Луара (43), в регионе Овернь. Коммуна Fontannes отделена от коммуны Бриуд рекой Алье и расположена у подножия массива Ливрадуа/Форез, относящегося к Центральному массиву.
Муниципалитет пересекают четыре ручья: река Алье, река Сенуар и ручьи Терниволь и Ла-Диранд.