Située dans le Jura, dans la commune éponyme, l'église de Saint-Lothain a été érigée au Xe siècle. Inscrite et classée aux Monuments Historiques, elle a été construite sur une crypte antérieure à l'an mil. Cette dernière abrite notamment le sarcophage de saint Lothain, ermite décédé au début du VIe siècle.
Maintes fois transformé, l'édifice présente plusieurs éléments des XVIIIe et XIXe siècles à l'instar de son clocher comtois ou de sa voûte en ogive. À l'intérieur, les visiteurs peuvent admirer de très belles statues du XVIe siècle ainsi que de fins décors en albâtre.
Dans la crypte se trouve un petit édicule en albâtre appelé Fontaine à huile miraculeuse. Saint Lothain s'en servait, selon la légende, pour oindre et guérir les malades.