Le nom du village est mentionné pour la première fois en 1388.
Une église existait déjà en 1573 mais dépendait alors de la paroisse de Phaffans. Reconstruite vers 1734, elle a été consacrée à Saint Germain d'Auxerre en 1749 par l'évêque de Bâle. Cet édifice implanté au milieu du cimetière a été remplacé en 1869 par l'église actuelle.
La commune de Saint-Germain-le-Châtelet se situe à 12 km au nord-est de Belfort. Longée par la route départementale RD 83 au sud, elle s'appuie au nord sur le piémont sous-vosgien. Le pont le plus bas (370 m) est situé au niveau du ruisseau du Magrabant et le point le plus haut (539 m) au sommet du mont du Châtelet. L'essentiel du village s'inscrivant entre les cotes de 380 et 410 mètres (l'église est à 397 m).
Saint-Germain fait partie du canton de Rougemont-le-Château ainsi que de la communauté de communes du Pays sous Vosgien.
L'activité de la commune de Saint-Germain-le-Châtelet est devenue, depuis la fin des sociétés de tissage, essentiellement agricole et résidentielle. Quelques commerces, artisans et sociétés de service complètent ce nouvel aménagement.
L'ensemble de la population est réparti sur un tissu bâti d'environ 223 maison individuelles et 2 immeubles locatifs.