Commune du Jura, Perrigny fait partie de la banlieu de Lons-le-Saunier. Connue comme Paterniacus Pratum à l'époque gallo-franque, elle est occupée depuis l'âge du Bronze, comme en témoignent les vestiges retrouvés sur place.
Fief de Château-Renaud au Moyen Âge, Perrigny faisait à l'époque partie du domaine des rois de Bourgogne. Maintes fois assiégée au fil des siècles, la commune s'est notamment illustrée durant la Seconde Guerre mondiale avec ses actes de résistance.