Si l'origine du nom de Menotey fait encore l'objet de controverses, on s'accorde généralement à penser qu'il viendrait de Monasterium (monastère) puis qu'effectivement Menotey a abrité un monastère dépendant de celui de Saint Vivant (près de Biarne, à 4 km environ).
On a retrouvé des traces de vie bien plus anciennes, puisqu'à l'occasion de travaux routiers, au siècle dernier ont été mises à jour des sépultures d'un cimetière burgonde du Ve ou VIe siècle.
Quel fut le passé de Menotey ? C'est surtout grâce à l'abbé Jacques, curé de Menotey au XIXe siècle, qu'on connaît l'histoire du village. Même si Menotey a connu des heures sombres - que ce soit le saccage par les troupes de Louis XI en 1479, ou la décimation par la peste et la guerre en 1636 - Menotey conserve, du Moyen Âge et de la Renaissance, des traces évidentes d'un passé prospère, à l'image de son église, la plus imposante de toute la paroisse, et de certaines maisons aux allures de petits châteaux et en particulier celle de la rue Jean Faivre, flanquée d'une tour percée de meurtrières qui fut, à la fin du XVIIIe siècle, la demeure du dernier possesseur féodal de Menotey, Joseph Jean Philibert d'Orival. Menotey s'enorgueillit également de la visite du Roi Louis XIV venu traiter la reddition de la ville de Dole en 1674. Mais la réputation de Menotey était surtout due à son vignoble, dont on nous dit qu'au siècle dernier, il produisait les meilleurs vins blancs et rouges de l'arrondissement de Dole. Cette production viticole constituait jusqu'au début du XXe siècle encore la principale des ressources agricoles, que malheureusement le phylloxera a réduit à néant ou presque. Sachez qu'en 1870, c'étaient pas moins de 208 ha de vignes qui étaient exploitées sur le territoire communal, sur une superficie communale totale de 485 ha. Il faut savoir aussi que lors de la constitution des communes, Menotey, alors la plus importante, était devenue de ce fait, chef lieu du canton. C'est en 1801 que le canton de Menotey a été supprimé et remplacé par celui de Rochefort-sur-Nenon.
Menotey est situé à 8 km au Nord-est de Dole, sur la route de Gray, et marque la séparation entre la plaine du Doubs et celle de la Saône. On peut d'ailleurs, sur le chemin des Crétillotes admirer un panorama unique, à l'est, sur la chaîne du Jura et à l'ouest sur la plaine de la Saône et le pays Dijonnais. Accroché à flan de coteau, le village est orienté au sud et à l'ouest sur les premiers contreforts du massif de la Serre, qui constitue l'extrémité sud du massif des Vosges. En effet le massif de la Serre est constitué pour l'essentiel d'un socle granitique. On peut facilement le constater en se baladant dans la forêt, où des roches granitiques apparaissent, ainsi que dans le cours du ruisseau. Une exploitation de porphyre d'excellente qualité existe d'ailleurs sur le territoire des communes d'Offlanges et de Moissey. Cependant les affleurements calcaires sont ici également très nombreux et c'est cette situation originale qui vaut au pays sa vocation viticole sur les terrains argilo-calcaires qui composent la quasi-totalité de sa superficie.
L'activité hydrologique est assez intense, bien que peu évidente. De très nombreuses sources existent sur le village, dont certaines ne tarissent jamais, même pendant les étés très secs. Jusqu'à un passé récent, la source des Barraques, était régulièrement visitée et on s'y désaltérait volontiers, d'une eau fraîche, pure et non calcaire. Malheureusement la présence de quelques colibacilles obligent à la déclarer non potable. Les deux fontaines du village, rue des Bourguerins et place de la Bourgoisotte, ont été aménagées il y a plusieurs siècles, ce qui montre bien l'importance qu'elles avaient dans la vie du village.
La superficie de la commune est de 485 ha, dont 125 sont couverts par la forêt, qui est communale pour près de 93 ha.
Si la population du village se chiffrait à 738 âmes en 1800 l'exode rural a fait son oeuvre, renforcé par l'épidémie de phylloxera dès la deuxième moitié du XIXe siècle, de telle sorte qu'au début du XXe siècle le village ne comptait plus que 410 habitants. La pente descendante tirait inexorablement la courbe de la population vers les abîmes, atteints en 1982 où le village ne comptait plus que 189 habitants lors du recensement. Depuis cette date on assiste à une remontée régulière de la population puisqu'après avoir compté 202 habitants en 1990 et en 1995, on en dénombrait 289 à fin 2001. La barre des 300 a été atteinte fin 2002, et ce notamment grâce à des rénovations de maisons, essentiellement pour des logements locatifs, mais également par la conversion de résidences secondaires en résidences principales. La population actuelle oscille aux alentours de 300 habitants. Dans les résultats du recensement qui a eu lieu tout début 2007 on note une légère diminution de la population (274 habitants) due en très grande partie au départ de jeunes du foyer familial pour leurs études. La population s'est considérablement renouvelée, puisqu'en effet près de 60% de la population habite le village depuis moins de 15 ans. 25% de la population a moins de 20 ans et 18% plus de 60 ans. On compte 120 résidences principales et 22 résidences secondaires. L'augmentation du nombre de foyers résidents principale a été rendue possible avec l'accroissement du secteur locatif et à la conversion de résidences secondaires.
A Menotey la vie associative n'est pas très développée, comparativement à d'autres communes alentours, mais cependant assez active. C'est le Comité des Fleurs et des Fêtes qui est l'association la plus active du village, en termes de manifestations publiques. Créée en 1972, cette association a contribué à l'embellissement du village particulièrement grâce au fleurissement tant public que privé. Dès 1973 Menotey concourrait pour le titre de village fleuri, mobilisant un grand nombre de personnes bénévoles qui avaient compris que l'embellissement de leur village était la base de l'amélioration de leur cadre de vie. La récompense suprême fut obtenue en 1978 avec un premier prix national remis par Jacques Médecin alors Ministre du Tourisme. Menotey obtenait ainsi ses 4 Fleurs. Les temps ont changé depuis cette époque faste. Le fleurissement a connu quelques vicissitudes dues pour une part au vieillissement de la population et à la modification profonde de la structure de sa population. Depuis quelques années le Comité s'efforce de retrouver cet élan qui avait fait de Menotey une destination de balade dominicale enviée dans toute la région.