Le nom du Faouët vient du breton "faou" signifiant "hêtre". Ces arbres y sont d'ailleurs encore très nombreux. La ville doit son origine à un château féodal aujourd'hui disparu. Geoffroy du Faouët, contemporain de Saint Louis, aurait participé à la première croisade en 1095.
Anne de Bretagne éleva la seigneurie du Faouët, appartenant alors à la famille Boutteville, au rang de baronnie en 1495. Les Boutteville furent de grands bâtisseurs auxquels on doit, notamment, la chapelle de Sainte-Barbe et celle de Saint-Fiacre qui abrite un magnifique jubé. Les familles Goulaine et du Fresnay leur succédèrent.
Au XVIIIe siècle, Le Faouët fut fortement agité par les frasques de Marie-Louise Tromel, plus connue sous le nom de Marion du Faouët. Cette célèbre chef de bande pilla toute la région avec l'aide de ses brigands pendant environ quinze ans avant d'être arrêtée et pendue.
Dès le milieu du XIXe siècle, c'est la présence plus tranquille d'artistes peintres qui caractérise la commune. Au début du XXe siècle, ils sont encore plus nombreux à séjourner ou à s'installer au Faouët dont ils immortalisèrent le riche patrimoine, parmi lequel, les vieilles halles de 1542, qui abritent le marché deux fois par mois.