Consacré à l'histoire du protestantisme dans la région, le musée Protestant prend place au cœur de La Rochelle, en Charente-Maritime, dans une annexe du temple protestant de la cité. Il dévoile des collections exceptionnelles sur trois salles, avec notamment quelques œuvres de Calvin ou des objets ayant appartenu au pasteur Samuel Eynard.
Fondé au début des années trente par Samuel Eynard, il a connu une importante rénovation dans les années 1990, présentant aujourd'hui une muséographie plus agréable pour les visiteurs. Gravures, médailles, livres anciens et autres objets permettent ainsi de dévoiler trois thématiques : La Rochelle protestante, Le temps du Désert de 1685 à 1787 et le protestantisme hier et aujourd'hui.
Le site bénéficie aujourd'hui du label Musée de France.