Outre son église, le bourg, établi à côté des fondations du Château-Gaillard, conserve son habitat historique dans son environnement naturel et varié : moulins, maisons de maître, étangs, fermes des XVIIe et XVIIIe siècles. Initialement partie du Grand Perche, la Croix du Perche se mit par la suite sous la protection de Guillaume III Gouët, qui mena plusieurs attaques contre les terres du Comte du Perche, Rotrou III, profitant de son départ aux croisades ; la Croix du Perche est ainsi rattachée au Perche Gouët par certains historiens. La commune est connue pour la bataille de la Croix du Perche de 1589 qui vit, sous Henri III, la victoire des troupes royales du Comte de Soissons, menées par le Sieur de Fontenay, sur une cavalerie de Ligueurs et pour avoir été citée dans une sévère homélie de Bossuet, à la cour de Versailles, en présence de Louis XIV, lorsque la grande famine de 1662 entraîna, les 4 premiers mois de l'année seulement, 17 décès dont 9 enfants, sur une population de 300 habitants environ.
L'ancienneté du nom, qui pourrait remonter aux premiers siècles du christianisme : "Crux in Pertico" donne toute son authenticité et sa légitimité percheronne à cette commune, traversée au sud par la Foussarde, affluent du Loir et située en bordure d'une voie romaine reliant au Dunois.
