Au départ, Gilles est une villa romaine, un simple domaine rural. Il se nomme alors Guill, puis Guilles, mais son étymologie reste incertaine.
Sous les Mérovingiens, Gilles appartient au domaine royal. Vers l'an 700, le roi cède Gilles et deux moulins (l'Etang et La Boissière) à l'abbaye bénédictine de Saint Germain des Prés. En 828, le polyptyque d'Irminion, rédigé par un abbé de Saint Germain des Prés, récapitule des propriétés de l'ordre.
En 1099, des seigneurs du voisinage, dont celui d'Ivry, participent à la prise de Jérusalem. Au retour, certains templiers s'installent dans la maison dite à Guillaume (3 bis Grande rue). La Côte des templiers en est sans doute le souvenir…
Vers l'an 1100, le seigneur de La Boissière combat 3 autres seigneurs de Gilles. 4 seigneuries se partagent alors Gilles : Vitré, La Boissière, Les Mazis et Jolivet.