L'église de Ferrette est une des plus vieilles églises d'Alsace. En effet, l'embase de la grosse tour qui forme encore aujourd'hui le corps principal du chœur de cette église, pourrait avoir été une des nombreuses tours carrées construites par Rome au IVe siècle pour se protéger des invasions alamanes et commander les différentes passes conduisant à la plaine du Rhin à l'intérieur de la Gaule. La plupart de ces tours servaient aussi à l'exercice du culte païen et furent occupées plus tard par les seigneurs féodaux en raison de leur position stratégique ou par les nouveaux évangélisateurs afin de contrer le paganisme.
Lorsqu'en 1042, Louis de Scarpone ou de Mousson (1010-1073), le grand père paternel du premier comte de Ferrette, Frédéric Ier, se vit attribuer les régions de Montbéliard, d'Altkirch et de Ferrette par l'empereur germanique Conrad II, il dut prendre possession des anciennes fortifications romaines au point culminant de la crête rocheuse du Schlossberg et d'une tour abandonnée à l'entrée de la gorge. Selon un texte daté du XVIe siècle, c'est un autre membre de la famille, également prénommé Frédéric, qui aurait fait construire la première église à partir de cette tour vers 1050.
Selon une tradition, ce même Frédéric (IV ?) aurait accompagné à Rome vers 1049, son proche parent, Brunon d'Eguisheim, qui sera intronisé pape sous le nom de Léon IX. A son retour dans les Alpes, il trouva refuge à l'hospice du Grand Saint Bernard. En reconnaissance de cet accueil, il obtint de Léon IX l'établissement à Ferrette de moines du Grand St-Bernard. Ces derniers y firent leur entrée en 1053 et y fondèrent leur prieuré près de la vieille tour. Bientôt les barbacanes et meurtrières de la tour disparurent et le culte catholique y fut officiellement établi. En souvenir de leur origine, les moines placèrent l'église sous le patronat de St Bernard de Menthon dit aussi St Bernard d'Aoste (1020-1081 ou 86) fondateur de l'Ordre et de l'Hospice alpin. Ce vocable est unique en Alsace.
Vers la fin du XIIe siècle, la petite bourgade de Ferrette ayant pris de l'extension depuis l'arrivée au château en 1125 du premier comte de Ferrette, l'église devint trop petite. Un trou fut percé dans la grosse tour devant lequel une nef fut édifiée. Au XIIIe siècle, un chœur gothique fut ouvert sur le côté opposé de la tour. Il est de style ogival primitif ou à lancettes ainsi que l'atteste l'arc en pointe employé dans les fenêtres qui sont hautes, étroites et jumelées. Les colonnes sont également élancées, seules ou groupées et les contreforts à l'extérieur sont indispensables à la solidité de l'œuvre : ainsi, depuis 700 ans rien n'a bougé.
Vers 1253, l'évêque de Bâle, Berthold de Ferrette, frère du comte Ulrich Ier garantit au prieuré du Grand St Bernard la possession de l'église de Ferrette et d'un hospice également fondé par les comtes. Mais deux siècles plus tard, vers 1450, c'est l'abbaye de Lucelle qui obtient l'administration de la paroisse de Ferrette après avoir contesté les droits et les possessions du couvent alpin. Ce dernier y conservera des droits jusqu'en 1537. Dès la fin du XIVe siècle, l'église s'avère à nouveau trop petite et une nef lourde et massive est construite pour servir au culte mais aussi, en cas de besoin, à la défense.
En 1728, la seule entrée de l'église qui se trouvait à droite vers la haute ville, est murée et une nouvelle entrée dans l'axe de la nef la remplace avec une double porte protégée par un simple porche. En 1792, les ferrettiens transportèrent deux des trois cloches à la fonderie de Belfort pour en faire des canons. Après la révolution, l'église et le prieuré furent déclarés biens nationaux et l'église fut fermée jusqu'en 1804 où elle fut rendue au culte.
Un agrandissement et une restauration de l'église furent projetés en 1860 car l'ancienne nef était devenue trop petite et humide, mais ce projet n'aboutit pas. Cinquante ans plus tard, l'ancien projet est remis à l'ordre du jour sous l'impulsion du curé François Xavier Muller. De juin 1906 à août 1910, plusieurs projets furent proposés et un projet définitif fut accepté en juillet 1911 pour un montant de 114.000 marks. L'ancienne nef est alors entièrement démolie et il ne subsiste que la tour et le chœur classés MH depuis 1902.
La nouvelle nef de style néo-gothique est plus haute et plus longue que l'ancienne et l'architecte a réussi à l'intégrer harmonieusement à la tour et au chœur. Une grande arche en ogive la sépare de la grosse tour. Elle se compose de cinq travées dont la clef de voûte comporte un écusson armorial rappelant le passé historique de Ferrette.
Pour régulariser les proportions de la nouvelle nef avec la vieille tour, on a surélevé celle-ci de 6 m et par ce fait aussi le beffroi, mais tout en conservant le toit à bâtière. La nouvelle nef est solennellement bénie le 2 juillet 2014 par Monseigneur François Zorn von Bulach...
