Fabrègues est situé à dix kilomètres de Montpellier et à quatorze kilomètres de la mer et de l'étang de Thau (Balaruc, Bouzigues, Mèze...), à proximité des grands axes routiers (RD 613) et autoroutiers (A 9 et A 75).
Son territoire, d'une superficie de 3 147 hectares, est composé d'un secteur urbanisé (6 261 habitants), d'un secteur agricole (vignoble, maraîchers, céréales) et d'un secteur boisé et protégé, le massif de la Gardiole, dominant la mer, très apprécié des sportifs (marche, jogging, VTT), des promeneurs et chasseurs.
Le Coulazou est la rivière qui traverse le village. L'aménagement de ses abords (petit lac, jeux d'enfants) en fait un lieu privilégié de promenade et de détente des Fabréguois et des pêcheurs. Malgré son expansion, le village a su conserver son caractère rural qui représente un atout majeur.