La commune de Champs-sur-Yonne est située à 5 km d'Auxerre à vol d'oiseau. Elle s'étend en une bande étroite sur la rive droite de l'Yonne. Sur ces terrains s'est manifesté très tôt la présence de groupes humains (5000 ans avant notre ère).
La première mention historique de Champs date du XIIe siècle. A cette époque le village ne devait constituer qu'une petite communauté rurale dépendante de sa voisine, Vaux. Elle construit ses remparts au XVIe siècle, lors des guerres de religion ; on en retrouve aujourd'hui le tracé en suivant la promenade du centre, le faubourg Saint Laurent et la promenade de l'Ouest.
Champs se construit au départ autour de sa chapelle, devenue église Notre-Dame-de-Liesse : aujourd'hui très remaniée (mais dont le portail occidental semble pouvoir être daté de la fin du XIIIe siècle), elle se dresse vers l'extrémité nord de la Grande Rue. Simple "chapelle", puis église, lorsqu'au milieu du XVIe siècle, les habitants obtiennent le droit d'y célébrer baptêmes et messes.
Le village se construit peu à peu (en attestent encore une petite fenêtre en accolade du début du XVIe siècle 3 rue du Moulin, l'escalier à tourelle de l'impasse de la Tourelle...) ; au XVIIIe siècle, il compte une quarantaine de maisons couvertes de chaume.
Il existait aussi à Champs-sur-Yonne deux moulins sur la rivière : celui du village et celui du hameau de Toussac.
Au XIXe siècle, le village prend un peu d'extension : y vivent des agriculteurs et des vignerons (regroupés surtout à Toussac), des artisans et des commerçants et quelques notables (notaire, médecin...). L'un de ces derniers, Adolphe Binoche, achètera un domaine près de la mairie et fera construire vers 1880 un monument en forme d'arc de triomphe : c'est la fontaine Sombron, une pièce rare d'architecture récemment rénovée.
À cette époque, l'activité est en partie tournée vers la rivière ; un petit pont de pierre, aujourd'hui très romantique, est construit en 1837 à l'extrémité de la Grande Rue ; il enjambe un petit affluent de l'Yonne, pour que les habitants puissent rejoindre le hameau de la Cour Barrée.
Pour plus de renseignements historiques, un livre sur le village de Champs-sur-Yonne est disponible à la bibliothèque de la commune.
Le site archéologique d'Escolives-Sainte-Camille, tout proche de Champs, est une villa gallo-romaine dont on visite les thermes impressionnants. On peut aussi y voir une exposition permanente des objets de la vie quotidienne et surtout un ensemble de sculpture monumentale découvert en remploi en fondation de ces thermes. Il s'agit d'un des plus grands ensembles de sculptures du Nord de la Gaule.
