Boofzheim est mentionné pour la première fois au IXe siècle sous le nom de Botesheim. Selon certains historiens, en l'an 401, une tribu alémanique s'est installée dans le village sous les ordres d'un chef du nom de Boffi ou Boffo, d'où le nom de Boofzheim. Mais la découverte de pièces de monnaies romaines en bronze, dans le village, laisse supposer la présence romaine.
Vers 1221, l'évêché de Strasbourg et l'Abbaye de Saint-Etienne s'emparèrent de l'essentiel des biens du village. En 1501, la famille Mieg devient Seigneur de Boofzheim et donne ses armoiries à la commune. En 1545, la Réforme est introduite par la famille Mieg et l'église Saint-Etienne est transformé en temple puis entre 1687 et 1854, elle servira simultanément aux deux cultes. En 1855, le sanctuaire est cédé aux catholiques, la communauté protestante ayant fait édifier sa propre église.
En 1636, en pleine guerre de Trente ans, les Suédois détruisent le village. Boofzheim doit son repeuplement à l'immigration de familles suisses et hollandaises.
Boofzheim a surtout souffert lors de la seconde guerre mondiale, le village a été sinistré à plus de 30% et les habitants ont été évacués en 1939 vers la Dordogne. Les communes de Boofzheim et de Saint-Aubin-de-Cadelech (Dordogne) ont confirmé leur lien d'amitié par un jumelage en août 1986.
