De oorsprong is zeer oud. Thomières en Saint-Pons waren oorspronkelijk twee afzonderlijke gemeenten. In het vierde millennium voor Christus. J.-C., mannen vestigden zich rond de bron van Jaur: het is de geboorte van Thomières. De bouw van een abdij aan de andere kant van de rivier de Jaur in 936 door graaf Raymond Pons van Toulouse, markeert de geboorte van Saint-Pons. Ze onderscheiden zich ook: Thomières werd "kleine stad", "stad van de armen" genoemd, terwijl Saint-Pons met zijn abdij en zijn herenhuizen "magiërstad" werd genoemd.
De geschiedenis van de stad is een opeenvolging van periodes van groei en vernietiging:
In 1170 werden een deel van de stad en het klooster geplunderd, ze werden ernstig verwoest, tot het punt waarop de kerk van de abdij moest in 1318 omgebouwd worden tot kathedraal. Er volgden twee eeuwen van ontwikkeling en welvaart dankzij de textielproductie. Helaas bezetten de protestanten tijdens de godsdienstoorlogen de stad enkele maanden en vernietigden opnieuw de meeste gebouwen in het dorp. Aan het einde van de 17e eeuw keerde eindelijk de rust terug.
In de 19e eeuw was Saint-Pont een kleine arbeidersstad die relatief rustig bleef, de 20e eeuw was geen welvarende periode voor het dorp dat, zoals in veel Franse regio's, zijn textielindustrie zag afnemen.
Saint-Pons-de-Thomières gelegen ten westen van het departement Hérault wordt blootgesteld aan een mediterraan klimaat, het wordt afgevoerd door de Jaur, maar ook de Salesse, de stromen van Cavenac, Fonclare, Saut en verschillende andere kleine waterlopen. De stad, die deel uitmaakt van het Regionaal Natuurpark van de Haut-Languedoc, heeft een opmerkelijk natuurlijk erfgoed.
