Geopend door een departementale decreet van 31 maart 1859, een enquête behoudt twee locaties waarschijnlijk toekomstige Pontarlier station tegemoet: de Faubourg Saint-Etienne en de zuidelijke ingang van de stad in de buurt van de plaats genaamd de Cret de Beaumont. Het is het laatste dat de gemeenteraad en het publiek kiezen. Het station werd ingehuldigd 17 juli 1860, een week voor de officiële opening van de Frans-Zwitserse spoorlijn. De houten tijdelijke gebouwen worden geleidelijk vervangen door stenen gebouwen. Het samenstel bestaat uit een centraal orgaan geflankeerd door twee zijvleugels en technische gebieden.
Vandaag is nagenoeg identiek aan de originele constructie. Op het moment, het station komt overeen met het station model genaamd 1e klasse en formaat voor internationale reizen.
Dit is eigenlijk Pontarlier dat doorgereisd naar de grote Lausanne, Simplon en Milaan aan de ene kant, richting Neuchâtel, Bern en Interlaken aan de andere kant uit te drukken. Om deze belangrijke verkeer te beantwoorden, werden aanzienlijke voorzieningen gebouwd: grote gebouwen met buffet, ruimten voor de douane, de lading zalen. Dezelfde locomotieven niet worden gebruikt in Frankrijk en Zwitserland, werd een verandering uitgevoerd in Pontarlier, waardoor reizigers naar kortere of langere stops. Verschillende persoonlijkheden zijn dus in dit kleine station aangenomen: de keizerin Eugenie in 1865, Adolphe Thiers in 1873 en 1875, Thérèse Martin (toekomstige Heilige Theresia van het Kind Jezus) in 1887 en voorzitter in 1910. Fallières Terug in Frankrijk in augustus 1945, zal maarschalk Pétain veeg de toorn van de menigte.
