Comuna que limita con Suiza, Jougne se encuentra en el Doubs, en el corazón de la región de Borgoña-Franche-Comté. Se lleva a cabo a una altitud de aproximadamente 1.000 metros, en la desembocadura del Jougne cluse, uno de los pasos que permite el cruce del Jura entre Francia y Suiza.
Frecuente desde la época galo-romana, el territorio de Jougne se desarrolla alrededor del siglo XI. La ciudad pasa indiferentemente a lo largo de los siglos en borgoña, manos suizas o francesas. La llegada del ferrocarril en la segunda mitad del siglo XIX permitió que la ciudad ganara importancia, desarrollando gradualmente el turismo de montaña y los deportes de invierno.
Hoy, Jougne vive tanto de la agricultura tradicional como del turismo de invierno y verano.