Aperto da un decreto prefettizio del 31 marzo del 1859, un sondaggio conserva due luoghi che possono ospitare futura stazione Pontarlier: il Faubourg Saint-Etienne e l'ingresso meridionale della città, vicino al luogo chiamato Cret de Beaumont. E 'quest'ultimo che scelgono il consiglio comunale e il pubblico. La stazione è stata inaugurata 17 luglio 1860, una settimana prima dell'apertura ufficiale della linea ferroviaria franco-svizzero. Gli edifici provvisori in legno vengono gradualmente sostituiti da edifici in pietra. L'assieme costituito da un corpo centrale affiancato da due ali laterali e aree tecniche.
Oggi, è sostanzialmente identica alla costruzione originale. A quel tempo, la stazione corrisponde al modello di stazione chiamata 1 ° classe e dimensionato per i viaggi internazionali.
Questo è in realtà Pontarlier che transita per esprimere il grande Lausanne, Sempione e Milano da un lato, verso Neuchâtel, Berna e Interlaken dall'altro. Per rispondere a questa importante traffico, sono state costruite strutture sostanziali: grandi edifici con buffet, locali per le dogane, sale da carico. Gli stessi locomotive non possono essere utilizzati in Francia e Svizzera, un cambiamento è stata effettuata in Pontarlier, costringendo i viaggiatori a lunghe soste più o meno. Diverse personalità hanno così adottato in questa piccola stazione: l'imperatrice Eugenia nel 1865, Adolphe Thiers nel 1873 e il 1875, Thérèse Martin (futuro Santa Teresa del Bambino Gesù) nel 1887 e Presidente nel 1910. Fallières ritorno in Francia nel mese di agosto 1945, il maresciallo Pétain spazzerà l'ira della folla.